Le prêtre est d'abord un homme de Dieu. Pour être un authentique apôtre, il doit vivre une expérience spirituelle authentique : profondément attaché au Christ, il communie à son mystère pour vivre avec lui dans l’amour du Père, guidé par l’Esprit. Cette relation est à la fois personnelle et communautaire. La liturgie est au cœur de la vie du Séminaire : plusieurs fois par jour les séminaristes se retrouvent à la chapelle pour la célébration de l’Eucharistie, de l’office ou pour des temps de prière silencieuse. Chacun peut ainsi approfondir l’appel qu’il a reçu et y répondre progressivement, dans la liberté du don. Chaque séminariste choisit un père spirituel parmi les formateurs de la maison pour l’accompagner personnellement sur ce chemin.

La lecture des écrits de maîtres spirituels et de saints éclaire et stimule ce cheminement. La retraite de rentrée et les récollections d'entrée en Avent et Carême permettent de marquer les temps forts de l'année. Enfin, Rome offre un contact particulier avec les deux mille ans d’histoire de l’Église et les saints qui font sa beauté, ce qui est une richesse tant au plan humain que spirituel.

Le bienheureux Jean-Paul II, lors de sa visite au Séminaire français en 1981, a souligné que l'ensemble de la formation se fait dans une perspective pastorale : « Tout ce que vous faites, c’est pour vous préparer à la vie apostolique de prêtres. C’est dire l’élan qui doit vous animer pour porter l’Évangile à vos contemporains, pour les aider à l’accueillir dans une adhésion de foi qui s’avère souvent difficile, pour les entraîner à la prière comme à la réception fructueuse des sacrements, pour les éduquer aux exigences concrètes de la foi dans leurs divers engagements. Ce souci d’évangélisation a été et demeure à l’honneur d’un grand nombre de prêtres français : j’espère que vous serez de ceux-là, non pas pour faire votre œuvre à vous mais pour conduire à Jésus-Christ et par les chemins que veut l’Église."

La formation pastorale concerne donc tous les aspects de la personnalité, le plan humain et spirituel comme les études. Une formation plus spécifique est donnée au sein du Séminaire, et elle devient de plus en plus concrète dans les années qui précèdent immédiatement l'entrée dans le ministère.

Pour découvrir la mission et s’y exercer concrètement, chaque séminariste ou prêtre étudiant assume aussi un engagement apostolique hebdomadaire à Rome. Catéchèse aux enfants ou aux jeunes, scoutisme, participation à des activités paroissiales, présence auprès de personnes qui souffrent, dans les hôpitaux ou dans la rue, les activités sont très diverses…

Pendant les vacances, en particulier l’été, les séminaristes rentrent dans leur diocèse pour mieux le connaître et s’y insérer progressivement, en étant attaché à une paroisse et en s'engageant dans différentes activités apostoliques, tout spécialement auprès des jeunes.