Le bienheureux Jean-Paul II, lors de sa visite au Séminaire français en 1981, a souligné que l'ensemble de la formation se fait dans une perspective pastorale : « Tout ce que vous faites, c’est pour vous préparer à la vie apostolique de prêtres. C’est dire l’élan qui doit vous animer pour porter l’Évangile à vos contemporains, pour les aider à l’accueillir dans une adhésion de foi qui s’avère souvent difficile, pour les entraîner à la prière comme à la réception fructueuse des sacrements, pour les éduquer aux exigences concrètes de la foi dans leurs divers engagements. Ce souci d’évangélisation a été et demeure à l’honneur d’un grand nombre de prêtres français : j’espère que vous serez de ceux-là, non pas pour faire votre œuvre à vous mais pour conduire à Jésus-Christ et par les chemins que veut l’Église."
La formation pastorale concerne donc tous les aspects de la personnalité, le plan humain et spirituel comme les études. Une formation plus spécifique est donnée au sein du Séminaire, et elle devient de plus en plus concrète dans les années qui précèdent immédiatement l'entrée dans le ministère.
Pour découvrir la mission et s’y exercer concrètement, chaque séminariste ou prêtre étudiant assume aussi un engagement apostolique hebdomadaire à Rome. Catéchèse aux enfants ou aux jeunes, scoutisme, participation à des activités paroissiales, présence auprès de personnes qui souffrent, dans les hôpitaux ou dans la rue, les activités sont très diverses…
Pendant les vacances, en particulier l’été, les séminaristes rentrent dans leur diocèse pour mieux le connaître et s’y insérer progressivement, en étant attaché à une paroisse et en s'engageant dans différentes activités apostoliques, tout spécialement auprès des jeunes.